1. W postępowaniu przed NSA prowadzonym na skutek wniesienia skargi kasacyjnej obowiązuje generalna zasada ograniczonej kognicji tego sądu (art. 183 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - tekst jedn.: Dz. U. z 2012 r. poz. 270, zwanej dalej p.p.s.a.). NSA jako sąd II instancji rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, wyznaczonych przez przyjęte w niej podstawy, określające zarówno rodzaj zarzucanego zaskarżonemu orzeczeniu naruszenia prawa, jak i jego zakres. Z urzędu bierze pod rozwagę tylko nieważność postępowania. Ta jednak nie miała miejsca w rozpoznawanej sprawie.
2. Skarga kasacyjna ma usprawiedliwione podstawy, albowiem oba podniesione w niej zarzuty przeciwko zaskarżonemu wyrokowi Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie są trafne.
3. Stwierdzenie nieważności decyzji jest instytucją umożliwiającą wycofanie z obrotu prawnego decyzji administracyjnych i postanowień dotkniętych najcięższymi wadami materialnoprawnymi. Ciężar gatunkowy tych wad powoduje, że w przypadku gdy rzeczywiście one wystąpiły, nie wystarczy uchylenie decyzji ze skutkiem ex nunc, a trzeba stwierdzić jej nieważność, to znaczy orzec, iż od chwili wydania - ex tunc - była ona nieważna. Niemniej ostatecznym decyzjom służy domniemanie legalności. W celu obalenia tego domniemania trzeba stwierdzić nieważność wadliwej decyzji w drodze decyzji deklaratoryjnej, która jedynie stwierdza, że dotychczasowa decyzja jest dotknięta wadą powodującą jej nieważność od samego początku z mocy art. 156 § 1 k.p.a.
4. W orzecznictwie sądowym, po okresie pewnych rozbieżności wynikających przede wszystkim ze sporów doktrynalnych, przyjmowany jest obecnie pogląd, że o rażącym naruszeniu prawa w rozumieniu art. 156 § 1 pkt 2 k.p.a. decydują łącznie trzy przesłanki: oczywistość naruszenia prawa, charakter przepisu, który został naruszony, oraz racje ekonomiczne lub gospodarcze - skutki, które wywołuje decyzja (por. np. wyrok SN z 8 kwietnia 1994 r., III ARN 13/94, OSN 1994, Nr 3, poz. 36; wyrok NSA z 18 lipca 1994 r., V SA 535/94, ONSA 1995, Nr 2, poz. 91). Oczywistość naruszenia prawa polega na rzucającej się w oczy sprzeczności między treścią rozstrzygnięcia a przepisem prawa stanowiącym jego podstawę prawną. W sposób rażący może zostać naruszony wyłącznie przepis, który może być stosowany w bezpośrednim rozumieniu, to znaczy taki, który nie wymaga stosowania wykładni prawa. Skutki, które wywołuje decyzja uznana za rażąco naruszającą prawo, to skutki niemożliwe do zaakceptowania z punktu widzenia wymagań praworządności - gospodarcze lub społeczne skutki naruszenia, których wystąpienie powoduje, że nie jest możliwe zaakceptowanie decyzji jako aktu wydanego przez organy praworządnego państwa.
5. Wady skutkujące stwierdzeniem nieważności decyzji - w przeciwieństwie do wad warunkujących wznowienie postępowania - tkwią w samej decyzji. Wobec tego, organ prowadzący postępowanie nadzorcze w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej ma obowiązek ocenić, czy wskazane przesłanki decydujące o rażącym naruszeniu prawa wystąpiły na gruncie istniejącego w danej sprawie stanu faktycznego, wynikającego ze zgromadzonego w niej materiału dowodowego. W związku z tak zakreślonymi granicami postępowania organ nadzoru nie gromadzi nowych dowodów, które prowadziłyby do nowych ustaleń faktycznych. Oceny legalności decyzji ostatecznej dokonuje tylko i wyłącznie na podstawie materiałów zgromadzonych w postępowaniu zwykłym, zakończonym wydaniem decyzji ostatecznej. Tak więc badany jest stan faktyczny i prawny z daty wydania decyzji, w stosunku do której toczy się postępowanie administracyjne o stwierdzenie jej nieważności. Z powyższego wynika, że stwierdzenie nieważności decyzji musi być poprzedzone niewątpliwym ustaleniem, że kwestionowane decyzje naruszają rażąco prawo w stopniu uzasadniającym stwierdzenie ich nieważności (art. 156 § 1 pkt 2 k.p.a.), a ustalenia te muszą być oparte na zebranym przez organ materiale dowodowym, który to w sposób oczywisty potwierdza. Podobne stanowisko zostało wypracowane w doktrynie, gdzie zgodnie przyjmuje się, że rażące naruszenie prawa będzie miało miejsce w sytuacji, gdy w stanie prawnym niebudzącym wątpliwości co do jego zrozumienia zostaje wydana decyzja, która treścią swego rozstrzygnięcia stanowi negację całości lub części obowiązujących przepisów - por. J. Borkowski, J. Jendrośka, R. Orzechowski, A. Zieliński, Kodeks postępowania administracyjnego. Komentarz, Warszawa 1985, także A. Adamiak, J. Borkowski, Kodeks postępowania administracyjnego. Komentarz, Wydawnictwo C.H. Beck, Warszawa 1996, s. 716-721).
6. Natomiast zanegowaniu stanu faktycznego ustalonego w postępowaniu zakończonym decyzją ostateczną służy instytucja wznowienia postępowania administracyjnego. To właśnie ten tryb nadzwyczajny służy ujawnieniu wadliwości postępowania, na którym oparto rozstrzygnięcie sprawy, albo wykazaniu, że pojawiły się okoliczności, w wyniku których pozbawione zostaną znaczenia przesłanki faktyczne, na których oparto decyzję (art. 145 § 1 pkt 1-8 k.p.a.).
7. W rozpoznawanej sprawie Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji nie dopełnił tych warunków, ponieważ w postępowaniu nadzorczym w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji prowadził postępowanie dowodowe mające zanegować stan faktyczny ustalony w postępowaniu komunalizacyjnym. W oparciu bowiem o zgromadzony w postępowaniu administracyjnym, zakończonym decyzją Wojewody Wielkopolskiego z (...) grudnia 2005 r., nr (...), materiał dowodowy w żaden sposób nie można przyjąć, aby parafia Katolicka (...), czy też parafia p. w. (A) opiekowała się cmentarzem, stanowiącym część spornej nieruchomości oraz sprawowała na nim kult religijny, a tym samym, że korzystała z niego w rozumieniu art. 12 pkt 2 ustawy z 10 maja 1990 r. Przepisy wprowadzające (...), co doprowadziło do rażącego naruszenia prawa polegającego na objęciu decyzją komunalizacyjną mienia ogólnonarodowego wyłączonego spod komunalizacji. Zarówno zgromadzone w sprawie dokumenty urzędowe (protokół badania księgi wieczystej (...), karta inwentaryzacyjna i wypis z rejestru gruntów), jak i fakt znany powszechnie, że cmentarz był nieczynny (nie dokonywano na nim pochówków, ani ekshumacji od lat 50 ubiegłego wieku) dowodzą czegoś wręcz przeciwnego na dzień 20 maja 1990 r., a mianowicie, że Kościół Katolicki nie korzystał w tej dacie z tego mienia. Ten stan faktyczny znajduje zresztą dodatkowe potwierdzenie w fakcie, że obie parafie, których proboszczowie twierdzą, że korzystali z cmentarza należą do Kościoła Katolickiego, podczas gdy przedmiotowy cmentarz był cmentarzem ewangelickim.
8. Zasadny jest również zarzut naruszenia art. 7 i 77 § 1 k.p.a. Można się zgodzić z Sądem I instancji, że składanie pisemnych oświadczeń w postępowaniu administracyjnym nie jest sprzeczne z prawem. Tym niemniej, uznać należy, że zanegowanie faktów wynikających z dokumentów urzędowych w oparciu o dokumenty prywatne, jakimi niewątpliwie są oświadczenia proboszczów pozostaje w sprzeczności zarówno z zasadą dochodzenia prawdy obiektywnej, jak i obowiązkiem wyczerpującego zebrania i rozpatrzenia całego materiału dowodowego. Wartość dowodowa dokumentu prywatnego wyraża się w tym, że na jego podstawie można jedynie przyjąć, że osoba, która podpisała taki dokument zajęła stanowisko, jakie zostało wyrażone w tym dokumencie. Przy tym, z zasady swobodnej oceny dowodów wynika, że prawdopodobieństwo prawdziwości złożonego oświadczenia jest tym mniejsze, im bardziej osoba, która złożyła to oświadczenie jest zainteresowana wynikiem postępowania w sprawie. Nie bez przyczyny zatem ustawodawca przyjął, że dowód z przesłuchania strony ma jedynie posiłkowy charakter, mimo że przeprowadzając ten dowód organ ma obowiązek pouczyć stronę m.in. o odpowiedzialności za fałszywe zeznania (art. 86 zd. 2 k.p.a.). Tego obowiązku nie ma przy przyjmowaniu dokumentów prywatnych, a więc dowody z nich tym bardziej mają jedynie charakter pomocniczy. Mogą zatem dowodzić tego, co chociażby w pośredni czy dorozumiany sposób wynika z innych dowodów i poszlak. Nie mogą natomiast zanegować tego, co zostało stwierdzone innym dowodem, np. dokumentem urzędowym.
9. Stwierdzone powyżej naruszenia przepisów postępowania pozostają jednakże bez wpływu na wynik sprawy, ponieważ trafny jest zarzut naruszenia art. 12 pkt 2 ustawy z 10 maja 1990 r. Przepisy wprowadzające (...) przez błędną jego wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie tego przepisu.